Санітарна мікробіологія як наука базується на основних положеннях загальної мікробіології, на досягненнях медичної, ветеринарної, технічної, сільськогосподарської мікробіології, а також епідеміології, епізоотології, гігієні, імунології. Санітарна мікробіологія вивчає не тільки патогенних мікроорганізмів, що є збудниками різних захворювань людини, а й інші мікроорганізми які містяться у навколишньому середовищі і здатні викликати захворювання  та бути причиною виникнення вад харчових продуктів.

 Дисципліна «Санітарна мікробіологія» дає знання для практичного використання у виробництві продуктів харчування, а саме: методи оцінки бактеріального забруднення молочних та м’ясних продуктів, мікробіологічний контроль якості сировини, напівфабрикатів, готової продукції на всіх етапах технологічного процесу.